Ok, descobri qual era o problema.
Eu estava usando o "Glx-Dock / Cairo-Dock" e estava roubando o foco de todas as janelas. Eu não consegui encontrar uma solução ou mesmo um único relatório de bug na net, então eu apenas o desinstalei e agora estou bem.
E BTW, obrigado pelos votos baixos. Eu estou querendo saber o quão ridículo meu problema era receber votos abaixo:)