Você pode tentar usar o rsync para fazer a cópia. Diz que lida com arquivos esparsos. Algo como
rsync --rsh=ssh --archive --sparse lmdb user@remotehost:~/lmdb_copy
Como um aparte, e algumas dicas sobre por que o scp funciona localmente, mas não através de uma rede, quando scp vê que é uma cópia local para local, apenas passa a requisição para o comando cp diretamente. Monitorando as chamadas do sistema de um comando scp, eu peguei isso fazendo isso
execve("/bin/sh", ["sh", "-c", "exec cp -r foo bah"], [/* 20 vars */])