Você está certo. Todas as notas são salvas nessa pasta no Kubuntu. E no Ubuntu, eles são salvos em ~/.kde/share/apps/basket/baskets
.
Não há opção para salvar todas as notas de futuros criadas em uma pasta específica.
Como alternativa, você pode exportar todas as notas que deseja, em qualquer pasta ou dispositivo externo. Para fazer isso, faça um segundo clique na nota e selecione Exportar - > Arquivo de cabazes ...
Eu solicitei este recurso enviando um email para os desenvolvedores, mas este projeto parece estar abandonado. Espero que alguns programadores melhorem este software para que possamos ter esse recurso em uma versão futura do basket:)