Você não ativou todos os arquivos. Você também deve desmarcar a caixa "Ocultar arquivos protegidos do sistema operacional".
Sempre que eu me pergunto onde meu espaço em disco se foi, eu uso o WinDirStat (no Windows) ou o kdirstat (o original e para o Linux): link
O que este programa faz é encontrar todos os arquivos e mostrar quais pastas / arquivos estão usando todo o espaço. É fácil detalhar e descobrir pepitas enormes de espaço desperdiçado!