A conversão de GPT para MBR está em um nível de disco e não em nível de partição. Você converte todo o disco entre GPT < = > MBR
Não tenho certeza de quais instruções você já tem. Você pode compartilhar o mesmo para maior clareza.
Se você seguir a ferramenta de linha de comando DISKPART disponível no Windows, primeiro precisará LIMPAR o disco antes que a conversão de GPT para MBR possa ser feita e esta etapa limpe todas as partições do disco. Pode ser necessário chamar a ferramenta a partir das opções de disco / reparo de configuração, pois ela pode não executar a conversão de disco no mesmo disco em que o Windows está instalado e em execução.
Pode haver ferramentas de terceiros que pretendem converter o disco sem excluir partições, mas eu pessoalmente não tenho experiência com elas.