Inicie a recuperação do Windows (a partir do DVD do Windows 7, se tiver, caso contrário você precisará pesquisar como criar um na Web) e, em vez de instalá-lo, deixe-o reparar sua instalação (essa é uma opção disponível); então deixe-o guiá-lo: há boas chances de que o Windows Repair conserte as coisas automaticamente.
Se isso não acontecer, vá para o prompt de linha de comando (que é a última opção no menu de reparo) e execute bootrec/fixmbr e / ou bootrec/fixboot , dependendo do que você acredita ter quebrado. Em seguida, tente inicializar normalmente.
Se ainda assim não funcionar, existem outras opções como bootrec/scanos (verifique o relatório) ou, se necessário, bootrec/rebuildbcd ou outros programas como o EasyRE; mas isso não deve acontecer, a menos que seus testes com o Linux incluam o apagamento de partições existentes ...