O Windows, desde o Vista, por padrão, usa uma partição separada para inicializar e armazenar os arquivos de sistema do Windows.
Em uma instalação limpa do Windows, você terá uma partição "System Reserved", de 100MB, que será mostrada como "System, Active" no Gerenciador de Discos do Windows. Esta partição não tem letra de unidade atribuída.
A partição do Windows (geralmente a unidade "C:", que contém as pastas "Windows", "Arquivos de Programas" "Usuários", etc.) é mostrada como "Boot" (e geralmente também "Pagefile" e "Crash Dump") )
(esses termos são um disparate para mim, a partição que a Microsoft chama de "sistema" é na verdade a partição de inicialização, enquanto o sistema é armazenado na partição que a Microsoft chama de "boot")
Parece que, no seu caso, a partição "System" estava no drive mecânico.
E não há necessidade de substituí-lo por SSD, até que você tenha problemas com ele (mas, é claro, mantenha um backup periódico ...)