As configurações estão em locais diferentes no Registro, mas você pode, em princípio, exportar cada um como arquivos REG e concatená-los, caso deseje facilitar a restauração das configurações.
Por exemplo,
HKEY_CURRENT_USER\Control Panel
tem configurações para muitos itens personalizados, como mouse, sons etc. No entanto, existe o risco de que um arquivo de registro incompatível ou incorreto possa exigir a reinstalação completa do Windows .
Outra opção é usar a ferramenta de personalização de terceiros, como o Classic Shell , que pode exportar suas configurações e importá-las posteriormente.
Talvez a melhor pergunta seja por que você precisa "limpar" o Windows com frequência. Seria mais fácil restaurar a partir de uma imagem do que começar do zero, a menos que você seja um desenvolvedor que tenha que documentar uma instalação completa.