Não vejo razão para usar FORFILES - é muito lento.
Eu faria algo como o seguinte:
@echo off
for /f "delims=" %%F in (
'dir /b /s /a-d "%WINDIR%\Setup\Files"^|findstr /rive "\.reg [\]AppData[^\]*\.exe"'
) do del "%%F"
Eu canalizo um DIR / B recursivo através de FINDSTR, usando um par de expressões regulares para excluir nomes de arquivos que terminam com ".reg" ou "\ AppData * .exe", ignorando o caso. O resultado é iterado via FOR / F para que eu possa excluir cada arquivo.