Eu realmente não vejo a necessidade de usar o Apache neste contexto, se você tiver acesso ao cron. Você não precisa servir páginas, aparentemente você só precisa executar o código.
Por que não simplesmente tentar algo assim?
#!/usr/bin/env php
<?php
[Your code here.
Perhaps even send e-mail updates
including with the status of your script,
or update a lightweight database each time
the script has run.]
Salvar este script como /path/to/script.php simples e chamar php /path/to/script.php (ou simplesmente ./path/to/script.php se você adicionar direitos de execução ao arquivo, usando chmod +x ) no seu crontab, deve fazer o trabalho e poupar muito da sobrecarga do Apache.