Isso acontece porque outro programa recebe foco de repente. Você terá que descobrir qual programa de repente recebe foco. Pode ser um popup também. Depois de descobrir qual programa recebe o foco, encontre uma maneira de impedir que ele obtenha foco. (como uma configuração no programa, etc ...)
Se você não encontrar nenhum programa, verifique o seu computador em busca de spyware e vírus.
Normalmente, quando isso acontece, olhe para sua barra de tarefas sem clicar em qualquer lugar para ver qual programa está ativo. Ainda é o programa que você tinha ativo, ou é outro programa?