Eu tenho um requisito semelhante com dados do usuário de um sistema que é retirado periodicamente.
A maneira como eu me aproximo disso (longe de ser o único caminho claro) é criar duas cópias dos novos arquivos de texto. Um datado por registro histórico, o outro simplesmente intitulado algo como:
P:_warehouse\score-cards\Latest-ScoreCards.txt
Eu, então, uso o addin Excel PowerQuery da Microsoft (bastante útil) para sempre extrair os dados mais recentes. O PowerQuery usa uma abordagem de apontar e clicar para executar processos de extração e transformação a partir de muitos tipos diferentes de fonte de dados. Assim, você pode arrumar, filtrar e enriquecer os dados ao mesmo tempo em que os importa, se precisar.
A importação pode ser automatizada, mas como você só precisa pressionar o botão Atualizar e gostar de ver os dados antigos brevemente antes de atualizar, deixei o manual.