Tanto quanto eu entendo, (eu só tenho um trabalho básico de como saber como executar o servidor de minecraft) você iria querer algo assim.
Instale a tela se você ainda não a tiver
sudo apt-get install screen
screen -S "Minecraft server Me"
cd /location/of/minecraft/config/
Ligue o servidor minecraft depois de ter localizado a configuração como esta
java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_server.jar nogu
Para o seu irmão
screen -S "Minecraft server Brother"
cd /location/of/minecraft/configforbrother/
Inicie sua instância
java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_serverbrother.jar nogui
No entanto, isso só permitirá que você execute um servidor de minecraft por vez. No entanto, você pode alterar a porta à qual o servidor de minecraft se vincula ao iniciar e executar vários servidores de minecraft ao mesmo tempo.
Dê uma olhada aqui explicações mais profundas sobre como executar o minecraft no linux