Embora eu não possa responder à sua pergunta sobre a explicação detalhada de como funciona a sincronização do OneNote, posso dizer que ela ainda é construída em torno do antigo cliente groove.exe
de quando a Microsoft adquiriu a tecnologia.
No entanto, os sintomas mencionados são indicativos de uma cópia corrompida do bloco de anotações no cache. Eu só vi isso uma vez antes, mas a Microsoft tem uma nota técnica sobre o problema em algum lugar (desculpe, eu não fui capaz de encontrá-lo).
A "correção" é excluir a cópia local do bloco de anotações.
Acho que no seu caso, você provavelmente precisará criar um novo bloco de anotações no servidor e depois copiar as anotações.
Os notebooks são simplesmente uma coleção de arquivos XML compactados e algumas pastas, e são muito fáceis de copiar.