Não realmente.
(Eu estou supondo que para os fins desta questão você está usando o Kali Linux para funções relacionadas à segurança, e você não está apenas tentando evitar acesso casual - como o Kali Linux é, AFAIK uma plataforma de teste de caneta)
Se você quiser escondê-los da raiz para que não seja possível que o root os leia, você precisará criptografar os dados do Windows - se o disco estiver na máquina, é possível que o root os leia - mesmo que isso signifique leitura os dados da partição bruta. Assim, a única maneira de protegê-lo seria remover o disco ou embaralhar os bytes, como faria um sistema de criptografia decente.
Se você tem documentos específicos que você precisa esconder, mas escondê-los de tal forma que não pode ser provado que você está escondendo-os, olhe para Veracrypt e "Plausable Deniability / hidden volumes". [Eu não usei este programa, eu usei o seu predecessor TrueCrypt embora]