Execute o foobar.exe e faça um script de arquivo em lote da seguinte forma:
@echo off
:loop
taskkill /PID "target.exe"
goto loop
execute este script em lote. O processo target.exe será finalizado assim que for iniciado. Ou, você pode encontrar onde o novo arquivo target.exe é copiado pelo servidor remoto e designar essa pasta como somente leitura.