A maioria dos discos LiveCD / LiveUSB Linux inicializa e nem monta um disco rígido sem que você o informe explicitamente. Mesmo após a montagem, o ambiente ao vivo não executará nenhum executável (onde existam vírus) sem que você os execute explicitamente. Então, nesse ambiente ao vivo, você pode instalar o ClamAV, montar o disco e executar uma varredura nos dados.
A partir do ambiente ativo, você também pode copiar dados de praticamente qualquer tipo de sistema de arquivos (algumas pequenas exceções) para outro sistema na rede ou para uma unidade externa conectada, ou algo semelhante.
Estive lá. Fiz isso. Fácil.