Existem algumas coisas a verificar:
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Você ativou o PHP sobre o FastCGI com um mapeamento de módulo ?:
Vocêadicionouumtipodedocumentopadrão?
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Você definitivamente se certificou de que o arquivo php está no mesmo diretório da página de documento padrão?
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você reciclou os pools de aplicativos desde a adição da instância do PHP?
Possivelmente nada disso, mas essas são as armadilhas comuns que já vi quando implantei várias instâncias do PHP / IIS antes.
Pode valer a pena seguir o guia em: link para instalar o IIS corretamente no IIS
Além disso, verifique se as extensões de arquivo estão corretas. Alguns editores texzt salvam arquivos como index.php.txt ou index.PHP (note que as extensões são sensíveis a maiúsculas e minúsculas)