Eu nunca usei essa opção em um disco inteiro, mas lembro-me de um curso do Windows que não permite a compactação NTFS na unidade do sistema (geralmente C :).
Se você quiser usar a compactação, é melhor ativá-lo por pasta, por exemplo, ativando a compactação apenas da pasta "grandes fotos RAW" clicando com o botão direito do mouse - > Propriedades - > Avançado - > marque a opção "Compactar conteúdo para economizar espaço". Isso gera uma sobrecarga de desempenho e geralmente reduz o espaço em 0% a 30%, então, geralmente, é uma opção de último recurso.
Eu suspeito que os arquivos perdidos são devido ao reparo do Windows, você deve ser capaz de descompactar o disco e executar um software de recuperação de arquivos como o Recuva