O computador em execução pode causar alterações nas datas, não é evidência de copiar ou modificar seus arquivos. Essas datas mudam o tempo todo, sem formatação ou cópia.
Eu duvido que seja um bug de qualquer tipo, mas também duvido que eles tenham copiado seus arquivos.
Eu trabalhei em uma loja de conserto de computadores por 8 anos, confie em mim que as pessoas não estão interessadas no que está no seu computador, já vimos tudo isso antes e realmente não nos importamos em procurar ou copiar dados.
UPDATE
Após uma conversa na seção de comentários com o OP, foi determinado que os dados na unidade foram manipulados de alguma maneira por algum motivo na minha opinião.
Não se sabe por que ou como os dados foram manipulados, mas é mais do que provável que sejam reparados ou clonados de alguma maneira.