Existe um questionar no StackExchange com um erro semelhante ao que você recebe.
A solução declarada para remover a pasta ~/.texmf-var
. Normalmente, essa pasta tem apenas arquivos "gerados automaticamente", mas tente isto:
mv ~/.textmf-var ~/textmf-var-mackup
e verifique se o problema desaparece. Caso contrário, você pode renomear a pasta de backup para o nome original.