Parece que é um "recurso" da BIOS < - sim, aspas aéreas
Uma instalação típica do Windows 7 / 8.x normalmente terá seu disco de inicialização no modo AHCI. Com base no que você está dizendo, a ação de remover uma unidade está fazendo com que sua BIOS mude para o modo IDE como precaução porque reconheceu que um disco foi removido.
Isso é um problema porque a configuração do registro no seu sistema operacional provavelmente diz "Operate in AHCI"
A solução:
Antes de remover o disco, verifique em qual modo SATA seu SSD está sendo executado.
Depois de remover o disco, entre na BIOS e verifique o modo SATA da sua unidade de inicialização.
Deixe-me saber como é isso.
Boa sorte!
Atualização 1
Mais algumas coisas para experimentar:
- No Windows, antes de remover o HDD, abra o Console de Gerenciamento de Disco e defina a unidade como "Offline".
Após remover o HDD, vá para o seu BIOS e tente desativar a porta SATA na qual o HDD estava conectado.
Remova o cabo SATA da porta na placa-mãe antes de iniciar o computador (estou apenas agarrando a palheta com essa sugestão)
Você pode usar todas essas sugestões de uma só vez ou testá-las uma a uma.
Deixe-me saber como é isso!
Atualização 2
Parece uma verdadeira placa-mãe ou problema de BIOS.