Talvez o grupo que você está usando não tenha direitos para editar esses arquivos. Fazer um ls -al mostrará os arquivos e seus modos. O primeiro grupo de rwx é para o usuário, o segundo é para o grupo e o terceiro é para outros. r é lido, w é gravação e x é executado. Certifique-se de que haja um w no segundo grupo (ele deve aparecer no meio da coluna de modo de arquivo, a sexta letra).
Se você não tiver direitos para o seu grupo, use o usuário proprietário do arquivo ou root para definir chmod g+w .htaccess (ou qualquer arquivo com o qual tenha problemas) e, quando terminar, por motivos de segurança, você deve remover w com chmod g-w .htaccess .