Isso porque as unidades do Windows não são montadas automaticamente durante a inicialização. Quando você clica em abrir a unidade, o Ubuntu a monta automaticamente e, portanto, você pode vê-la pelo terminal.
Se você deseja abrir as unidades no terminal, será necessário montá-lo manualmente usando o comando mount e depois procurá-lo pelo terminal.
Aqui está um tutorial que mostra como link
Para montar as partições durante a inicialização, você deve fazer a entrada necessária para o arquivo /etc/fstab . Há também vários tutoriais disponíveis on-line que fornecem instruções passo a passo sobre como fazer isso
Aqui está um tutorial detalhado do Ubuntu que mostra como montar automaticamente as partições link