Primeiro de tudo você precisa do código-fonte do kernel do Linux. Você pode baixá-lo em kernel.org ou instalar o pacote linux-source do Ubuntu. No último caso, você encontrará alguns patches do Ubuntu aplicados.
Normalmente, as fontes vivem abaixo de /usr/src . Se você tiver descompactado os arquivos ou instalado o pacote, você encontrará a árvore que você mencionou acima. Portanto, a versão mais recente do kernel tem um arquivo chamado entry_32.S e entry_64.S no subdiretório arch/x86/kernel . A parte depois de arch tem o nome x86 e não i386 como você mencionou. Se você quiser usar i386 você deve escolher uma versão do kernel abaixo de 3.7, porque i386 foi removido do 3.7 on.