Naturalmente, você deve verificar se seu sistema não está sendo executado com alto uso da CPU (carregue o Gerenciador de Tarefas clicando com o botão direito do mouse na barra de tarefas). Dê uma olhada em [HKEY_CURRENT_USER \ Control Panel \ Desktop]. Há um monte de configurações de nome fantasia lá que podem ser de interesse. Eu copiei minhas configurações que você pode comparar com as suas, caso haja uma grande diferença. A configuração "ClickLockTime" pode ser relevante.
[HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Desktop]
"DragHeight"="4"
"CoolSwitchColumns"="7"
"ActiveWndTrackTimeout"=dword:00000000
"MouseCornerClipLength"="6"
"MouseMonitorEscapeSpeed"=dword:00000000
"DragWidth"="4"
"WallpaperStyle"="10"
"ScreenSaveActive"="0"
"TileWallpaper"="0"
"WheelScrollLines"="3"
"Pattern"=dword:00000000
"FontSmoothingType"=dword:00000002
"WindowArrangementActive"="1"
"BlockSendInputResets"="0"
"MenuShowDelay"="8"
"ClickLockTime"=dword:000004b0
"CaretWidth"=dword:00000001
"FocusBorderWidth"=dword:00000001
"WallpaperOriginX"=dword:00000000
"WallpaperOriginY"=dword:00000000
"DragFullWindows"="0"
"CoolSwitchRows"="3"
"ForegroundFlashCount"=dword:00000007
"LeftOverlapChars"="3"
"ForegroundLockTimeout"=dword:00030d40
"FontSmoothingGamma"=dword:00000000
"DragFromMaximize"="1"
"FontSmoothing"="0"
"FocusBorderHeight"=dword:00000001
"WheelScrollChars"="3"
"DockMoving"="1"
"SnapSizing"="1"
"CursorBlinkRate"="600"
"MouseWheelRouting"=dword:00000001
"RightOverlapChars"="3"
"FontSmoothingOrientation"=dword:00000001
"PaintDesktopVersion"=dword:00000001
"Win8DpiScaling"=dword:00000001
"UserPreferencesMask"=hex:90,12,03,80,10,00,00,00
"AutoColorization"=dword:00000000
"Wallpaper"="C:\Users\Alain\Pictures\Desktop\DSC_4279.JPG"
"MaxVirtualDesktopDimension"=dword:00000a00
"MaxMonitorDimension"=dword:00000a00
"TranscodedImageCount"=dword:00000001
"LastUpdated"=dword:ffffffff
"ImageColor"=dword:92b33647
"DesktopDPIOverride"="-2"
"LogPixels"=dword:00000060
"AutoEndTasks"="1"
"HungAppTimeout"="1000"
"WaitToKillAppTimeout"="2000"
"LowLevelHooksTimeout"="1000"
"SmoothScroll"=dword:00000001