Você esqueceu um -i :
ffmpeg -i audio.ogg -i video.webm …
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Estou tentando mesclar uma fonte de vídeo e um arquivo de áudio juntos para terminar com a menor sinalização com a compilação mais recente do ffmpeg do zeranoe, mas tudo o que ele faz é perguntar se eu quero substituir o arquivo de áudio ou vídeo arquivo vazio para adicionar). A saída acaba sendo corrompida ou faltando um dos arquivos também.
C:\Users\Apps\ffmpeg\bin>ffmpeg -i audio.ogg video.webm -c copy -shortest new.web
m
ffmpeg version N-69835-g03adafb Copyright (c) 2000-2015 the FFmpeg developers
built with gcc 4.9.2 (GCC)
configuration: --disable-static --enable-shared --enable-gpl --enable-version3
--disable-w32threads --enable-avisynth --enable-bzlib --enable-fontconfig --ena
ble-frei0r --enable-gnutls --enable-iconv --enable-libass --enable-libbluray --e
nable-libbs2b --enable-libcaca --enable-libfreetype --enable-libgme --enable-lib
gsm --enable-libilbc --enable-libmodplug --enable-libmp3lame --enable-libopencor
e-amrnb --enable-libopencore-amrwb --enable-libopenjpeg --enable-libopus --enabl
e-librtmp --enable-libschroedinger --enable-libsoxr --enable-libspeex --enable-l
ibtheora --enable-libtwolame --enable-libvidstab --enable-libvo-aacenc --enable-
libvo-amrwbenc --enable-libvorbis --enable-libvpx --enable-libwavpack --enable-l
ibwebp --enable-libx264 --enable-libx265 --enable-libxavs --enable-libxvid --ena
ble-lzma --enable-decklink --enable-zlib
libavutil 54. 18.100 / 54. 18.100
libavcodec 56. 22.100 / 56. 22.100
libavformat 56. 22.100 / 56. 22.100
libavdevice 56. 4.100 / 56. 4.100
libavfilter 5. 11.100 / 5. 11.100
libswscale 3. 1.101 / 3. 1.101
libswresample 1. 1.100 / 1. 1.100
libpostproc 53. 3.100 / 53. 3.100
Input #0, ogg, from 'audio.ogg':
Duration: 00:00:26.02, start: 0.000000, bitrate: 84 kb/s
Stream #0:0: Audio: vorbis, 44100 Hz, stereo, fltp, 112 kb/s
Metadata:
TITLE : SpikexTwilight.wmv
ENCODER : Lavf56.22.100
File 'video.webm' already exists. Overwrite ? [y/N] n
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