Você pode pesquisar e substituir por expressão regular.
O que você tem é um arquivo com:
<value>,\r\n<value>,\r\n<value>,\r\n
Você deseja criar uma expressão regular que corresponda a dois valores e remova a nova linha entre eles.
Vá para pesquisar e substituir (atalho: control + H) e digite o seguinte:
- find:
(.*)\,\r\n(.*)\,\r\n - substituir:
, ,\r\n
Verifique se o modo de pesquisa é regular expression e se a opção . matches newline não está marcada. Pressione o botão "replace all" e seu arquivo deve ser formatado.
NOTA: Se o seu arquivo não estiver seguindo o estilo do Windows no final da linha, e em vez disso usar um fim de linha no estilo linux, substitua \r\n por \n nos exemplos acima.