A opção server
permite especificar um servidor local para um domínio. Isso permite indicar a um servidor DNSmasq a presença do outro servidor e o subdomínio com o qual ele lida. O servidor consultará o outro servidor para nomes pertencentes a esse subdomínio.
Uma entrada como esta deve funcionar:
server=/subdomain.example.com/2.0.192.in-addr-arpa/192.0.2.5
Use valores apropriados para sua rede. Você precisará configurar ambos os servidores DNSMasq para fazer referência ao outro.
Se você deseja pesquisar hosts sem especificar um FQDN (nome de domínio totalmente qualificado), é necessário fornecer uma lista de pesquisa de DNS apropriada. A configuração das opções do DHCP está documentada na página dnsmasq
man.