Isso foi provavelmente um arquivo em lote.
O arquivo em lote parecia estar remontando certas unidades de rede para alguns locais em seu servidor (fazendo net use /delete
sobre elas e montando-as novamente), apenas para apontar as unidades para um novo local ou, como você previu, para fins maliciosos, excluir a pasta Usuários do servidor.
Você precisa verificar seus itens de inicialização e certificar-se de que esse arquivo em lote não esteja fazendo nada prejudicial.