Você esteve muito perto - você só precisou adicionar o nome de domínio à sua regra de varredura assim:
httrack http://web.archive.org/web/20011209181356/http://www.emag.ro:80/ -* +web.archive.org/web/20011209181356/http://www.emag.ro/*
Ou, para obter todas as versões arquivadas desse domínio, você pode usar:
httrack http://web.archive.org/web/20011209181356/http://www.emag.ro:80/ -* +web.archive.org/web/*/http://www.emag.ro/*
Mas você desejará habilitar o percurso por todo o domínio usando essas opções de linha de comando (ou definindo-as na GUI em "Somente especialistas")
B ... pode viajar para cima & na estrutura de diretórios do d ... mas permaneça no mesmo domínio principal
Veja a imagem abaixo. É isso que você queria alcançar?