NUNCA tente instalar o Windows em uma partição que não seja de inicialização ou em uma unidade não padrão. Receita para o desastre. Desconecte temporariamente o SATA1 ou então altere a ordem de inicialização do BIOS para que o disco vazio seja o primeiro da fila. (Melhor desconectar como você sabe que irá parar o acesso ao disco errado)
A maioria dos computadores inicializa a partir do USB, mas se você não puder, então uma alternativa seria obter uma cópia do WinPE da Microsoft e executar a instalação abaixo. Ele vem com o kit AIK.