Why is there a "java" in quotes
Para citar a página do manual do Ubuntu este texto é o " name, "which" é o nome do symlink no diretório alternatives. " Em outras palavras, é assim quando você digita java (ou qualquer outro texto que você escolha) no terminal, ele sabe que você está procurando por este link em particular.
what is the purpose of the 1?
Novamente na página man esta é a "prioridade" que é usada para o seguinte propósito - "quando um grupo de links está no modo automático, o sistema de alternativas assegura que os links no grupo apontem para a alternativa de prioridade mais alta apropriada para o grupo." Em outras palavras, se for necessário tomar uma decisão sobre qual link é usado, o valor numericamente maior ganha. Eu suspeito, no entanto, pode ser inconsequente, usando update-alternatives você está mudando o padrão de "automático" para "manual", caso em que eu não acho que se aplica. Mas eu não sou especialista.
Existe uma postagem útil de William DeMeo para conhecer a situação.