Eu usaria o Robocopy, dessa forma você pode fazer o backup do que você quer, e ele só fará o backup dos arquivos que forem alterados.
Sintaxe
robocopy \<Source> \<Destination>
EG
Abra o Bloco de Notas e digite (usando os nomes corretos das pastas)
robocopy \SourceServer\Share \DestinationServer\My new folder\BackUps
e salve-o como BackUp.bat (observe o .bat)
Em seguida, defina esse arquivo para ser executado pelo TaskScheduler (no seu Painel de Controle) sempre que desejar.
Além disso, há uma opção para fazer a sincronização de arquivos - link
robocopy \SourceServer\Share \DestinationServer\Share /MIR /FFT /Z /XA:H /W:5
Parâmetros em que você pode estar interessado (do link citado acima)
/MIR specifies that robocopy should mirror the source directory and the destination directory. Beware that this may delete files at the destination.
/FFT uses fat file timing instead of NTFS. This means the granularity is a bit less precise. For across-network share operations this seems to be much more reliable - just don’t rely on the file timings to be completely precise to the second.
/Z ensures robocopy can resume the transfer of a large file in mid-file instead of restarting.
/XA:H makes robocopy ignore hidden files, usually these will be system files that we’re not interested in.
/W:5 reduces the wait time between failures to 5 seconds instead of the 30 second default.