Você poderia usar a compactação incorporada do ntfs? Clique com o botão direito no arquivo de texto > propriedades > guia geral > avançado > comprimir conteúdo para economizar espaço em disco. > ok > aplicar
Em seguida, veja o que as propriedades listam para o tamanho no disco. Eu fiz isso para um arquivo de 42MB que caiu para 2,6MB no disco. Seus resultados podem variar.
Isso tem um pequeno impacto no desempenho, mas é transparente para o seu programa.
EDIT: Você também pode fazer isso para pastas e qualquer novo item que você trouxer também será compactado.