Vou postar outra resposta porque demorei para descobrir. Parece que as coisas mudaram um pouco nos últimos lançamentos. A aba "Mouse Keys" não estava lá nas minhas preferências de teclado (Ubuntu 11.10, gnome shell), então a solução @ JavierRivera me colocou no caminho certo, mas não resolveu o problema de desligar o "ponteiro de controle usando o teclado" opção. Aqui é onde eu encontrei:
Settings > Universal Access > Pointing and Clicking
Também habilitei "Teclas numéricas do teclado funcionam como no Macintosh", já que estou usando um teclado imac. Esta opção é encontrada em:
Settings > Keyboard Layout > Layouts > Options > Miscellaneous compatibility options
que parece ser necessário para mim.