Eu tive um problema semelhante na minha configuração do Ubuntu 12.04. No meu caso, o problema estava na configuração do X Windows. Eu tive que iniciar o Dash Home → Configurações do NVidia Xserver → Configuração do X Server Display .
O segundo monitor foi Disabled , portanto, primeiro tenho que ativá-lo e selecionar a configuração TwinView . Você precisa de privilégios de administrador para salvar a nova Configuração do X no arquivo, mas ela dará uma pista sobre se o problema está nos drivers ou na configuração do X Windows.