Se você criou atalhos para iniciar jogos diretamente, eles não funcionarão, a menos que você os modifique. Além disso, o seu lançador do Steam ainda funcionará e os seus jogos devem funcionar, a menos que sejam, bem ... mal projetados. Se você encontrar erros, também poderá tentar remover os dados armazenados em cache existentes e tentar novamente.
Eu fiz isso para a minha instalação do Steam e tudo correu bem, sem problemas secundários (Win7 também). Apenas certifique-se de que o sistema de arquivos é o mesmo que uma instalação do Windows.
Se ele falhar, tudo o que você precisa fazer é colocar de volta a pasta do Steam de volta.