Fala-se muito em bits se desgastando, mas isso se refere a modelos mais antigos. Os SSDs existentes irão viver a vida do computador. Então, como você configura isso não é tão relevante, pelo menos na minha experiência.
Eu tenho usado um SSD de duas maneiras.
Meu computador principal está rodando com o Ubuntu 12.10, iniciado com 12.04 e rodando agora há cerca de um ano. Eu uso meu computador 8 a 10 horas por dia, faço o download de muitas coisas e não tenho nenhum problema. É apenas um SSD de 64GB e usa meu disco rígido principal, que é de 2 terabytes para todos os meus dados.
Eu também uso outro SSD que é conectado ao computador através de um adaptador de disco rígido externo que executa o Windows 7. Quando eu inicializo a outra unidade que eu formatei como NTFS, Linux e Windows podem acessá-la sem problemas.
O único problema que você encontrará em partições NTFS é que não é possível tornar um arquivo executável. Portanto, se você tiver scripts e precisar executá-los durante o uso do Linux, será necessário executá-los por meio do comando bash.
A maior decisão será a marca do SSD que você compra. Há alguns SSDs ruins lá fora, faça sua pesquisa e não acredite em tudo que você lê. Meu SSD era um Intel e outra marca que eu uso não era tão boa, mas ainda funciona.