Why it was not recovered along with the other information?
Porque os dados não estavam completos. O arquivo foi fragmentado. Isso significa que o arquivo estava localizado em vários setores e, provavelmente, em um setor que era ruim, daí a razão pela qual sua Tabela de arquivos mestre foi perdida, o que provavelmente também ocorreu em um setor defeituoso.
Where is the location for the pointer that points to the next not contiguous cluster of the file?
Você não forneceu informações suficientes para responder a essa pergunta.
Why such things happens?
Os HDDs determinam continuamente se um setor é bom ou ruim. Um sistema de arquivos também tenta organizar seus arquivos. Essas duas ações podem interferir umas nas outras se um setor ficar ruim antes que os dados completos possam ser lidos e movidos para outro setor. Existem ferramentas como Spinrite
que podem ajudar em um caso como este. É caro e eu não estou realmente fazendo uma recomendação de software especificamente apenas dizendo que existem ferramentas que podem ajudar o HDD a descobrir os dados em falta em um setor "ruim". Isso só funciona antes de você gravar QUALQUER dado no HDD, se você tiver, então os dados serão perdidos para sempre.
Is there a way to rebuild/fix that files?
Se o software não suporta fazer isso, então você está sem sorte. você não pode consertar magicamente um arquivo que você não entende nem saber quais devem ser os dados que faltam.