Quando você está criptografando seu sistema, o Windows precisa de uma partição de inicialização. Não é possível inicializar a partir de uma partição criptografada. Ele precisa de algo para inicializar a ferramenta que não criptografa a partição criptografada, após o qual o Windows pode carregar. Eu não posso dizer se este é o caso, mas pode muito bem ser.