Você pode fazer isso com a Choice.
Supondo que o seu script é um arquivo de lote, você pode fazer o seguinte:
choice /C rp /D r /T 60 /M "Your system needs to be rebooted. Press [r] to Reboot, or [p] to Postpone. If you do not make a choice for 60 seconds, the system will reboot.
if "%ERRORLEVEL%"=="2" goto postpone
if "%ERRORLEVEL%"=="1" goto reboot
:reboot
shutdown -r -f -t 0
:postpone