Se a pergunta é se você deve ou não confiar no backup atual do TimeMachine, eu não acredito que 5 setores ruins estejam em pânico ... No entanto ... Isso significa que o disco está morrendo lentamente, mas está em boa forma agora. Se esses 5 setores defeituosos têm dados ou não, não está claro, mas eu recomendo que você faça o seguinte.
Você diz isso:
My new Time Machine HDD is currently in external bay. Plan to replace "failing" HDD with new one - internal on Mac Pro, once I decide how to proceed.
Se uma unidade estiver conectada em um compartimento externo e a outra for configurada internamente, eu baixaria uma ferramenta como o Carbon Copy Cloner e faria uma clone da unidade TimeMachine atual para a nova unidade. E quando isso for feito, troque a unidade antiga pela cópia recém-clonada.
Se de alguma forma isso falhar devido ao problema de setor ruim, você pode simplesmente trocar a unidade com falha pela nova unidade e começar de novo. Mas, ao tentar fazer um clone da unidade com o Carbon Copy Cloner, você terá pelo menos uma chance de recuperar sua configuração já estabelecida da TimeMachine.