Já tentou usar a opção de cópia na linha de comando? Com a ajuda do comando padrão 'Copiar' do Microsoft Windows, você pode suprimir a solicitação de confirmação de que deseja substituir um arquivo de destino existente usando o argumento / Y
Ao fazer isso, você não será solicitado a fornecer sua entrada e o processo de cópia não precisará da sua intervenção.
c\> copy /Y c:\dir1\subdir1\file1.txt c:\dir2\subdir2\file2.txt
Se o arquivo de destino existir, o comando acima sobrescreve o mesmo sem solicitar a confirmação do usuário
Espero que isso ajude.