A Wikipedia ( link ) explica isso muito bem:
The MD5 message-digest algorithm is a widely used cryptographic hash function producing a 128-bit (16-byte) hash value, typically expressed in text format as a 32 digit hexadecimal number. MD5 has been utilized in a wide variety of cryptographic applications, and is also commonly used to verify data integrity.
Assim, o MD5 pode calcular um número (um pouco) exclusivo para verificar se a integridade de um arquivo é OK e se não houve violação e / ou corrupção de dados.