Você pode encontrar a diferença entre os ambientes assim:
su <user>
printenv
su <user> -c "printenv"
Você pode modificar o ambiente no segundo caso assim:
su <user> -c "export <varname>=<varvalue>; <more commands...>"
Agora, para o problema específico que estava tendo, descobri que precisava da variável DB2INSTANCE
set. Então isso funcionou para mim:
su <user> -c "export DB2INSTANCE=<user>; /home/<user>/sqllib/bin/db2 catalog tcpip node <dbName> remote <ip> server <port>"