Lendo um pouco, como aqui: link , parece que eu poderia ter terminado com um inode órfão.
Lendo um pouco mais, parecia que eu precisava rodar a ferramenta fsck
para consertar o, er, thingamijigs.
Você não pode executar fsck
em um sistema de arquivos que esteja montado, pelo menos não sem conseqüências terríveis, de acordo com o fsck
em si.
No entanto, eu li que o Linux rodará fsck
na inicialização, então a correção para o meu problema foi apenas reinicializar a caixa do vagrant.
Eu adoraria ouvir mais respostas se você souber como direcionar especificamente o órfão específico sem reiniciar o servidor, ou se você tem alguma pista sobre como esse órfão foi criado em primeiro lugar.