Não há programas em que eu possa pensar que façam isso.
Você pode facilmente escrever um script ou aplicativo para fazer uma comparação antes de uma cópia e avisá-lo se eles forem idênticos. No entanto ... há sempre uma ressalva. Como você faz a comparação? Como você está lidando com arquivos de texto, os dados podem aparecer para serem os mesmos, no entanto, não são. Tome os seguintes exemplos:
This is a test.
e
This is a test.
As linhas parecem exatamente as mesmas. No entanto, para um computador eles são diferentes. Pegue o mouse, clique e segure o botão esquerdo e destaque o primeiro exemplo. Em seguida, destaque a segunda linha. Veja a diferença? Existe um espaço após o período do segundo exemplo. Essas cadeias de caracteres, enquanto transmitem a mesma informação, não são idênticas. Mesmo a diferença de um único caractere, 1 byte, permitiria a cópia. Se você está bem com isso, então o aplicativo ou script é super fácil. Eu recomendaria apenas obter os valores de hash dos dois arquivos e comparar esse valor. Se os valores forem os mesmos, avise e recuse a cópia.