Isso é por design. Aplicativos que estão sendo executados em uma conta nesse grupo podem precisar acessar as bibliotecas ou executáveis na pasta de instalação do SQL Server.
A pasta C: \ Windows também contém a maioria dos componentes do Windows que todas as contas de usuário precisam acessar o tempo todo, por exemplo, cmd.exe, explorer.exe, etc.
Sugiro não ajustar as permissões padrão das pastas do sistema operacional, pois isso pode comprometer a funcionalidade do sistema.