Acho que o sistema de arquivos persistente não exclui dados que já existem no arquivo SquashFS, por exemplo. o que já está lá por padrão. Então, se você tentar desinstalar o Firefox, então você não terá espaço. No entanto, se você instalar um programa novo , como o Pidgin, e depois desinstalar o Pidgin, você liberará seu espaço.
Então, se você só vai instalar e não remover o que você já instalou, então a persistência é a melhor opção é usar um sistema de arquivos persistente, porque se você fizer uma instalação completa, então será necessário mais espaço. A instalação completa ocupa mais espaço, porque quando você faz uma instalação, ela descompacta o que estava no sistema de arquivos SquashFS (altamente compactado).
Se houver alguns programas no padrão ISO que você não usará, sugiro usar o UCK (Ubuntu Customization Kit), que permite personalizar o ISO do Ubuntu, remover esses programas e talvez instalar / atualizar qualquer programas que você deseja usar. Dessa forma, todas essas mudanças estarão no sistema de arquivos SquashFS também, então tudo será compactado e você terá mais espaço livre no final dele.
Isso é o que eu tenho feito há algum tempo e está funcionando bem.